Der er observeret både brunflagermus og dværgflagermus i området. Begge arter er omfattet af Habitatdirektivets bilag IV, som betyder at disse arters opholds og rastepladser ikke må forstyrres eller fjernes. I dette tilfælde for flagermusene, vil det typisk betyde at hule træer ikke må fjernes.
Ejby mose levested for rørhøg, som er beskyttet efter Fuglebeskyttelsesdirektivets bilag I, som handler om at beskytte vores vilde fugle, og deres levesteder. I midten af 1800-tallet var rørhøgen ret almindelig i Danmark, men pga. jagt blev bestanden drastisk reduceret, og den var tæt på at blive udryddet inden yngletidsfredningen i 1922. Afvanding af vådområder og brug af miljøgifte gennem 1950erne og 1960erne bidrog til bestanden var meget lille. Først efter totalfredningen i 1967 begyndte bestanden at stige. I de seneste årtier er rørhøgebestanden vokset temmelig kraftigt, og rovfuglen har bredt sig til mange nye ynglelokaliteter over hele landet. Dens levesteder er dog stadig truet, og derfor befinder arten sig på Fuglebeskyttelsesdirektivet liste.